基本的に Wireshark を使うことで得られるパケットキャプチャファイルは pcapng と呼ばれるフォーマットになっており，これは pcap フォーマットとは異なります．
例えば複数のパケットキャプチャファイルを時系列に従ってマージできるコマンドラインツールである mergecap コマンドは Wireshark が提供しているソフトウェアであるため，これを使って出力される merged なパケットキャプチャファイルはデフォルトでは pcapng フォーマットとなります (ちなみに，これについては mergecap -F pcap というふうに -F オプションでフォーマットを指定すると pcap フォーマットで出力できる)．
pcap を前提としたプログラムでこのpcapngファイルを読み込もうとすると往々にしてエラーが起きる (例えば Unknown magic a0d0d0a のようなエラーが上がる) ので，pcapng なファイルを pcap なファイルに変換したくなることがあります．というわけでこうです
tcpdump -r file.pcapng -w file.pcap
こうすることで pcapng ファイルを読み込んで pcap ファイルに変換することができます．簡単ですね．
なおインターネット上を検索してみると tshark を使った方法 (tshark -F pcap -r file.pcapng -w file.pcap) がヒットするのですが，この方法は元のファイルサイズが大きいと Killed という無慈悲なエラーを吐いてコマンドが完遂しないので，特別な理由がない限りは tcpdump を使うのが良いと思います．
